Välirauhan aikana 1940–1941 palkitsemista selkeytettiin Suomen Valkoisen Ruusun ritarikunnan kunniamerkkien käytöstä 1.6.1940 antamalla ohjeistuksella, joka kattoi myös Vapaudenristin kunniamerkit.
Joulukuun 16. päivänä 1940 annetulla asetuksella perustettiin pysyvä Vapaudenristin ritarikunta. Sen suurmestariksi määrättiin puolustusvoimain ylipäällikkö eli tasavallan presidentti, kuitenkin niin, että sotamarsalkka Mannerheimilla oli oikeus olla elinikäinen suurmestari. Samalla asetuksella perustettiin Mannerheim-ristin kaksi luokkaa sekä ritarikunnan ansiomitalit. Asetus virallisti myös käytännön, jonka mukaan kaatuneen sotilaan lähimmälle omaiselle annettiin 4. luokan Vapaudenristi miekoin mustassa nauhassa eli VR:n sururisti. Siviilitehtävissä sodan vuoksi surmansa saaneen omaisille annettiin mustassa nauhassa VR:n surumitali.
Tavallisimmat miehistön ja aliupseereiden urheudesta sodassa saamat kunniamerkit olivat 1. ja 2. luokan Vapaudenmitalit. Niitä jaettiin talvi- ja jatkosodassa sekä Lapin sodassa yhteensä yli 400 000 kappaletta. Vapaudenmitaleja jaettiin myös muista sotilasansioista kuin rintamalla kunnostautumisesta esimerkiksi vapaaehtoistehtävissä toimineille naisille. Vapaudenristin 1. ja 2. luokan ansiomitaleja annettiin etenkin sotatarviketeollisuudessa työskenteleville.
Alimmissa upseeriarvoissa palvelevien miesten tavallisin kunniamerkki oli 4. luokan Vapaudenristi miekkoineen. Se voitiin 3. luokan Vapaudenristin tavoin antaa myös aliupseereille ja miehistöön kuuluville. 2. luokan Vapaudenristi voitiin antaa kapteeneille ja sitä korkeammille upseereille. 1. luokan Vapaudenristi edellytti periaatteessa everstin arvoa ja sitä korkeampia.
Vapaudenristien luokkajakoa täydennettiin vuonna 1941 käyttöönotetulla tammenlehvällä, joka voitiin erityisistä ansioista liittää kaikkiin miekkoineen rintama-ansioista annettuihin Vapaudenristeihin suurristiä lukuun ottamatta. Tammenlehvä täydensi onnistuneesti olemassa olevaa palkitsemisjärjestelmää. Se muodosti eräänlaisen väliasteen Vapaudenristin eri luokkien väliin ja siten käytännössä kaksinkertaisti Vapaudenristin luokkien määrän.
Kenttäarmeijan joukkojen komentajilla oli tietyin rajoituksin valtuudet jakaa Vapaudenmitaleja ylipäällikön nimissä. Ylipäällikön suostumuksella myös Vapaudenristien antamisoikeutta delegoitiin annettujen kiintiöiden puitteissa. Urheuden ja kunnostautumisen ohella palkitsemisen perusteena saattoi olla myös haavoittuminen.
Jatkosodan aikana Vapaudenristin ritarikunnan asioita ja muitakin sotilaallisia kunniamerkkikysymyksiä hallinnoi Päämajan kunniamerkkitoimisto. Käytännöksi muodostui, että rintamalla palveleville sotilaille annettiin vain pienikokoinen todistus kunniamerkistä ja pala kunniamerkkinauhaa nauhalaattana käytettäväksi. Kunniamerkki ja varsinainen omistuskirja lähettiin kotirintamalle lähimmälle omaiselle.
Talvisodan aikana Mannerheim oli havainnut tarpeen korkealle kunniamerkille, jolla voitaisiin palkita sotilaallista urheutta sotilasarvosta riippumatta. Vapaudenristin ritarikunnan muodostamisen yhteydessä 1940 perustettiin tätä tarkoitusta varten kaksiluokkainen erikoiskunniamerkki, Mannerheimristi. ”Erinomaisen urheuden, taistellen saavutettujen erittäin tärkeitten tulosten tai erikoisen ansiokkaasti johdettujen sotatoimien palkinnoksi” Suomen puolustusvoimien sotilas voitiin hänen sotilasarvostaan riippumatta nimittää Mannerheim-ristin ritariksi.
Mannerheim-risti otettiin kuitenkin käyttöön vasta jatkosodan aikana. Kaikkiaan Mannerheim-ristin ritareita oli 191, joista kaksi sai myös 1. luokan: Mannerheim itse ja jalkaväenkenraali Erik Heinrichs. Tehtyjen esitysten tiukan seulonnan jälkeen ylipäällikkö Mannerheim teki lopullisen päätöksen Mannerheim-ristin ritariksi nimittämisestä. Mannerheim-ristin saajien sotilasarvo vaihteli sotamiehestä sotamarsalkkaan ja heidän keski-ikänsä oli 32 vuotta. Nimittämishetkellä nuorin Mannerheim-ristin ritari oli 19-vuotias.
Vuonna 1943 Mannerheim-ristin ritareille päätettiin maksaa kunniapalkinto, joka vastasi ylemmän palkkausluokan luutnantin vuosipalkkaa. Elokuusta 1944 alkaen Mannerheim-ristin ritareille voitiin uusiutuneista samankaltaisista ansioista suoda 2. luokan Mannerheim-risti toisen kerran. Kahdesti 2. luokan ritariksi nimitettiin neljä sotilasta.